Utiliser de préférence un mélange sable – argile comme substrat. Le sable grossier du bac à sable est cependant également très approprié. Les Geckos léopards évitent le sable meuble, poussiéreux et tranchant. L’argile peut faire s’agglutiner les orteils, devenir trop ferme pour que les animaux puissent y creuser et éventuellement être à l’origine de dépôts de poussière dans les poumons. Une constipation sévère peut par ailleurs survenir si elle est consommée.
En aucun cas le substrat ne doit contenir du calcium, en particulier les sphères de calcium ne peuvent pas être utilisées comme substrat. Une couche élevée de sol humide en profondeur (pas mouillée, mais les grottes doivent être légèrement humides) est essentielle. Cela garantit, en plus de la pulvérisation, un meilleur climat au terrarium et évite les difficultés de mue.